S'il n'y a pas d'aspérité en passant le doigt (pas l'ongle), ça ne génera pas le passage du piston/segment. Sinon léger ponçage au papier à l'eau comme dit plus haut, et c'est bon.
J'avais plusieurs petits trous dans le cylindre sur mon ancien 125 RM, et jamais eu de souci

Les légers trous/rayures à 45° (suite au déglaçage) se remplissent de mélange(2T)/huile(4T), ce qui renforce l'épaisseur du film de lubrification entre piston/cylindre